Ο Ανεμογιάννης επιβιβάστηκε στο πυρπολικό ως πηδαλιούχος,
συνοδευόμενος από τον Μιριαλή, μαζί με κωπηλάτες στη συρόμενη λέμβο που μετέφερε το πυρ. Ο ούριος άνεμος βοήθησε το πυρπολικό, που πλησίασε τον οθωμανικό στόλο που προστατευόταν στη Ναύπακτο. Έγιναν όμως αντιληπτοί από τους Τούρκους και άρχισαν πυροβολισμοί από το φρούριο και από τα τουρκικά πλοία. Ο Μιριαλής βιάστηκε να βάλει φωτιά, έκοψε το σχοινί και κάλεσε τον Ανεμογιάννη να πέσει στη θάλασσα, για να σώσει τον εαυτό του· σε αυτή την περίπτωση το σκάφος θα καιγόταν χωρίς αποτέλεσμα.
Ο Ανεμογιάννης προσπαθούσε να το προσκολλήσει στα τουρκικά πλοία και όταν οι φλόγες έκαψαν τα ιστία, αυτός συνέχισε την προσπάθεια με το πηδάλιο και όταν οι φλόγες τύλιξαν το κατάστρωμα. καθοδηγούσε το πηδάλιο από τα παραξάρτια με το παλάγκο, μέχρι που αναγκάστηκε να πέσει στη θάλασσα και από εκεί κρατώντας το παλάγκο δεν σταμάτησε να παλεύει έχοντας μόνο το κεφάλι του έξω από το νερό.
Τα τελευταία λόγια του πυρπολητή από γραπτή μαρτυρία του Ιωάννη Αθανασόπουλου, συμπολεμιστή του Παξινού, «[...] Ελευθερία ζητάτε μωρ’ αδέλφια, κι εγώ διά την πίστιν μας θέλ’ αποθάνω πρώτος, μα την χρυσή πατρίδα μας, αν δεν μας καή ο φλόκος». Οι Τούρκοι πλησίασαν, απώθησαν το πυρπολικό και συνέλαβαν τον Ανεμογιάννη.
Οι Έλληνες πλοίαρχοι προσπάθησαν να τον σώσουν με χρηματικά ανταλλάγματα ή με ανταλλαγή αιχμαλώτων, αλλά οι Τούρκοι τον ανασκολόπισαν, τον σούβλισαν ζωντανό και κρέμασαν το κορμί του για μέρες στο φρούριο σαν «φλάμπουρο της βαρβαρότητάς τους».
Ακολούθησε ένας έρανος στα ελληνικά πληρώματα, για να δοθεί αποζημίωση στην αρραβωνιαστικιά του, η οποία όμως ουδέποτε έλαβε αυτά τα χρήματα, καθώς οι περιπέτειες στις οποίες είχε εισέλθει το έθνος, δεν έδωσαν την ευκαιρία της εκπλήρωσης αυτού του καθήκοντος. Ο Φιλήμων παρομοιάζει τον Ανεμογιάννη με τον Κυνέγειρο, ενώ ο Φωτιάδης τον συγκρίνει με τον Αθανάσιο Διάκο.