Καλύπτει χωρίς σημαντικά κενά το δεύτερο μισό του 18ου,
τον 19ο και τον 20ο αιώνα, παρουσιάζοντας πληρότητα και σπανιότητα, αφού διέσωσε το μεγαλύτερο μέρος της παραγωγής των φορέων τη στιγμή που παρόμοιο ή αντίστοιχο υλικό φυλάσσεται σε λίγους οργανισμούς –κυρίως στα Επτανησιακά Αρχεία του Κράτους.
Λειτουργεί, λοιπόν, από το 1800 και είναι αξιοσημείωτο ότι μεταξύ άλλων φυλάσσει νοταριακούς κώδικες από το 1658 ως το 1902. (Η ονομασία κώδικας -από τη λατινική λέξη codex ή condex- σήμαινε αρχαιότερα βιβλίο δημοσίων αναγραφών, που ήταν συγγραφή σε φύλλα περγαμηνής ή και χαρτιού, σε σχήμα σημερινού βιβλίου˙ νοτάριος κατά τη φραγκοκρατία και τουρκοκρατία και αργότερα στα Επτάνησα σήμαινε τον συμβολαιογράφο < λατ. Notarius < nota σημείο, σήμα < nosco γνωρίζω).
Δυστυχώς, οι συλλογές του υπέστησαν πολλές φθορές στο πέρασμα των χρόνων. Η χειρότερη, ίσως –σύμφωνα με το Γ. Δόικα- ήταν στην επανάσταση των Παξινών εναντίον των Γάλλων το 1810, κατά τη διάρκεια της οποίας οι επαναστάτες μαζί με πολλά έκτροπα και δολοφονίες, λεηλάτησαν και το Ιστορικό Αρχείο.
Τα χρόνια που ακολούθησαν, η τοπική διοίκηση, δεν έδωσε τη σημασία και την προσοχή που έπρεπε για το Αρχείο, ώστε να του εξασφαλίσει μια στέγη κατάλληλη, αλλά και να το προστατεύσει από ενοχλητικούς και αδιάφορους ερευνητές. Οι Αρχειοφύλακες ίσως παρά την καλή τους θέληση, δεν είχαν τις γνώσεις και την πείρα να συντηρήσουν και να αξιοποιήσουν το έγγραφο πολύτιμο υλικό του Αρχείου. Και τα μεγάλα χρονικά διαστήματα που έμεινε χωρίς Αρχειοφύλακα, στοιβαγμένο σε χώρους χωρίς τις κατάλληλες προδιαγραφές υγρασίας και θερμοκρασίας, είναι βέβαιο πως τα έγγραφά του υπέστησαν πολλές και σημαντικές φθορές.