Ο ναός ξαναεπισκευάζεται το 1963,
αλλά δυστυχώς καταστρέφονται οι τοιχογραφίες πίσω από τα δεσποτικά που απεικόνιζαν τους αποστόλους Γάιο και Κρίσπο, οι οποίοι κήρυξαν τον χριστιανισμό στο νησί. Κάτω από το Άγιο Βήμα είναι θαμμένος ο Κορίνθιος μαθητής του Αποστόλου Παύλου Γάιος, ο οποίος παράμεινε στους Παξούς όπου και πέθανε, ενώ ο Κρίσπος έφυγε και συνέχισε αλλού το κήρυγμά του. Λέγεται ότι ο Άγιος Γάιος απάλλαξε το νησί μας από τα φαρμακερά φίδια που εκείνη την εποχή ήταν πολλά κι επικίνδυνα. Οι παλιότεροι συνήθιζαν να παίρνουν χώμα, να το ανακατεύουν με νερό και να το πίνουν, γιατί πίστευαν ότι τους έκανε άτρωτους από τα δαγκώματα των φιδιών.
Από τον Γάιο, έλαβε το όνομά της και η πρωτεύουσα του νησιού, στην οποία βρίσκεται ο ναός. Η μνήμη του Αγίου Γαΐου καθιερώθηκε από το 1985 να εορτάζεται μαζί με τους Αποστόλους Πέτρο και Παύλο στις 29 Ιουνίου και να γίνεται λιτανεία της εικόνας του. Το 2002 ολοκληρώθηκε η συντήρηση των εικόνων και του τέμπλου του ναού.
Στο εσωτερικό του ναού είναι θαμμένοι πολλοί επιφανείς Παξινοί και ευεργέτες των Παξών, όπως ο Φωκίων Καρούσος, η Αντωνία Καρούσου το γένος Μαρτινέγκω, η Αντωνία Μπογδάνου-Καρούσου, ο καπετάν Τόμας Βελλιανίτης κ.α.
Στο νεκροταφείο του ο παλιότερος τάφος είναι πιθανότατα του 1828.